特別永住者とは、1991年11月1日に施行された日本の法律「日本国との平和条約に基づき日本の国籍を離脱した者等の出入国管理に関する特例法」により定められた在留の資格で、当該資格を有する者をいいます。
正確には、「入管法」上の在留資格ではなく、第2次世界大戦終戦前から引き続き居住している在日韓国人・朝鮮人・台湾人およびその子孫の在留の資格となります。
これまで日本では第４種チームおよび学校部活動チームに登録される選手については、教育上の配慮から選手の国籍の入力と登録書式の提出を任意とさせていただいておりましたが、FIFA規則では本来禁じられている未成年の国際移籍等が事実上黙認する運用について、FIFAからこれら日本国内の登録手続きの運用について厳しい調査が入り、結果的に、FIFAは、JFAと（ある外国人留学生未成年選手を登録した）とある学校のサッカー部に対して、FIFA規則に違反したとして厳しい懲罰を科すということがありました。
その際、JFAは、FIFAより、FIFA規則を遵守した運用とするように
（すなわち、18歳未満の選手の国際移籍は一部の例外を除き原則として禁止するように）と強い是正命令を受けています。
今後はクラブチームも学校部活動チームも、原則としては同じ手続きをしていただく形になります。
唯一、異なるのが、第４種チームと学校部活動チームにおける特別永住者選手の国籍の入力の扱いとなります。
学校教育の場であるということに鑑み、一定の教育上の配慮が引き続き必要であると判断し、これら第４種チームおよび学校部活動チームに所属する特別永住者選手については、（国際移籍が伴わない場合は）特に国籍区分を選択しなくてよいという運用上の配慮を継続させることにしました。
なお、このような配慮をしたとしても、特別永住者については事実上、5年以上継続して日本に居住していることが明らかなので、FIFA規則に定める条件が自然と満たされ、FIFA規則上も問題がないと判断しております。
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